到了大禹时期，人类命运再次面临挑战，应龙曾经三度下凡。
应龙第三次从天界来到人间，帮助大禹平治水患，拯救人类。
大禹治水，变堵为疏，崇山峻岭之间，没有合适的泄洪通道。
“若是能够开辟一条水道，将名山大川串联一线，将大水引至东海，人族将会永绝恶水后患。”大禹说出了自己的想法。
“这有何难？不用耗费大量人力，长年累月的开凿，我来想办法实现这个宏伟计划吧。”应龙说道。
于是，应龙轻轻划动龙尾，便能画地成江，龙尾一划，便开辟出了如今的长江。
“应龙神，感谢你的帮忙。”大禹其实也是天神转世，对应龙的帮助铭记在心。
应龙开长江，疏导洪水，助禹治洪水，救黎民，立下不世之功。
“若是有更多的神龙，帮助我们人类就更好了。”人们欢呼雀跃的同时，发出了内心的呼声。
“你们说的对，让我来壮大龙族的血脉，让更多的神龙来帮助你们。”应龙想方设法壮大龙族。
为了壮大龙族血脉，应龙甚至还动用神力，开辟了传说中能使水族、蛇类进化为神龙的龙门。
只要努力跃过龙门，便可以化身为龙族一员。从此，使水族有了上升化龙之机。
然而到了治水末期，绝大部分水患的治理都已经大功告成，只剩淮水、涡水两条水系未能平定。
“不知为何，我的法力不起作用了，无法继续完成治水的使命。”大禹愁容满面的说道。
“我来看看，到底是怎么回事？”应龙潜入淮河之中侦查情况。
原来，淮、涡这两条水系治水失败的主要原因，就在于淮、涡水神无支祁的阻扰。
无支祁是齐天大圣的原型，有一定的法力修为，在无支祁的阻扰下，竟害得大禹三次治水失败。
应龙庚辰又一次独力出战，在崇山峻岭之间，大战无支祁，准备擒获水猿妖猴无支祁。
“大胆妖猴，居然与天界神族作对，破坏扰乱人族的幸福安宁。”应龙开始叫阵水中妖猴无支祁。
无支祁变化多端，化为一条大水蛇，说道“淮河一片是我的领地，若是连通东海，我就要失去家园。”
“淮河泛滥，淹没了多少人族的庄稼和村庄，造成的损失不可估量。不能为了你的一己之私，让无辜的人类白白送命。”应龙说道。
“那是人族的事情，关我何干？要怪就怪老天爷，风雨不定，祸害人间。”无支祁巧言争辩道。
“少废话，神族派大禹神在此，救黎民于水火，你休要与之作对。”应龙按耐不住，展开了终极对决。
无支祁在水中兴风作浪，应龙在水面上窥视水里的动静，不敢冒然进入水中。
无支祁更加猖狂，以水蛇的形态，浮出水面，水流湍急，成为它的有力武器，继续肆意作恶。
应龙止住风雨，潜入水中，让波涛汹涌的大水，立刻变得安静异常，无支祁根本不是应龙的对手。
应龙在水下抓住无支祁，扇动翅膀浮出水面，强龙战胜了地头蛇，无支祁无奈认输。
应龙本要斩杀无支祁，但由于桐柏之君向应龙求情，才在应龙的手下保全了无支祁的性命。
由此，在应龙的帮助下，大禹治水终于大功告成，创立了被万世景仰的不朽功绩。